A metodologia do programa é assente em 7 passos:
1. Conselho Eco-Escolas
É a força motriz do Programa e deve assegurar a execução das outras vertentes e incluir representantes da Comunidade Escolar.
2. Auditoria Ambiental
Permite analisar e diagnosticar aspetos relativos à gestão ambiental da escola, para identificar situações que necessitam de ser corrigidas e/ou melhoradas.
3. Plano de Acção
Este plano deve definir objetivos exequíveis, medidas a implementar, metas e prazos realistas para a sua concretização.
4. Monitorização e Avaliação
Devem estar previstos indicadores e formas de avaliação das acções previstas.
5. Trabalho Curricular
As acividades desenvolvidas devem estar relacionadas com o currículo escolar e influenciar a forma e o funcionamento da escola.
6. Informação e Envolvimento da Escola e Comunidade Local
A comunicação e a divulgação deve ser feita por diversos meios (jornais, internet, eventos, etc.).
7. Eco-código
O Eco-código é uma declaração de objetivos traduzidos em ações concretas que todos os membros da escola se comprometem a seguir.